Kazılar, höyüğün yayılım alanı içinde üç farklı bölümde sürdürülmektedir. Ege Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Coğrafya bölümü ile yapılan delgi sondajların verdiği bilgiler ışığında kültür katlarının kalınlıkları dikkate alınarak açma yerleri belirlenmektedir. Böylece höyüğün  ana topraktan itibaren var olan bütün tabakaları saptanabilmiştir.Günümüzde düz bir ova yüzeyine sahip alanın  Neolitik dönemde oldukça faklı bir topografyaya sahip olduğu ,  anlaşılmıştır.

Yerleşim  yerinin;   denizden 14 m. yükseklikte yer alan  bir alüvyon tepesi üzerine kurulan  üç-dört metre yüksekliğinde kültür tabakalarına sahip bir höyük olduğu, ancak  höyüğün çevresinin ve üstünün  zaman içinde alüvyonlarla dolarak örtüldüğü ortaya çıkmıştır. Bu nedenle Yeşilova  günümüzde tamamen ova seviyesinin altında kalmış olan   höyük tipi bir yerleşimdir. Yüzeyde çok az miktarda Geç Roma  keramiği dışında herhangi bir bulguya rastlanılmamıştır. Tamamen alüvyon altında kalması nedeniyle höyüğün yayılımını yüzeyden saptamak hemen hemen olanaksızdır. Farklı alanlarda gerçekleştirdiğimiz sondajlar ve toprak alınırken açığa çıkan kesitler üzerinde yaptığımız incelemeler sonucunda yerleşimin yayılımı kısmen anlaşılabilmiştir. Yerleşim alanı üzerinde yaptığımız çalışmalara  göre höyüğün kuzeye doğru yayılım gösterdiği ve  yaklaşık 70 bin  metrekarelik bir alanı kapsadığı düşünülmektedir.
...............................................

Yüzey toprağının 4 metre altında kalan ilk yerleşim  Neolitik Çağın başında başlamış ve  Neolitik Çağın  sonuna doğru en zengin dönemine ulaşmıştır. Yerleşim kısmen Kalkolitik Çağ süresince de devam etmiştir. Buna göre Yeşilova Höyüğü en az binbeş yüzyıl yerleşim görmüştür.

....................................

2005-2009 yılı çalışmalarında elde edilen buluntulardan İzmir’in ilk toplumunun çevresi dağlar ve tepelerle  çevrili bu verimli ovadan , Bornova Ovası’nda  ortaya çıktığını göstermiştir. İzmir çevresinde Aliağa, Menemen, Torbalı, Çeşme, Urla , Selçuk ve Kemalpaşa’da yer alan   bu döneme ait en yakın yerleşimler o günkü koşullarda İzmir’in içine  en az bir günlük mesafedeydi. İzmir’in kültür tarihi İzmir’in içinde bulunan bu yerleşimle birlikte tümüyle değişmiştir. İzmir kültürü  daha önce inanıldığı gibi izleri Bayraklı’da bulunmuş olan 5 bin yıl önce gelip yerleşenler tarafından değil günümüzden en az 8-9 bin yıl önceden beri bu alanlarda yaşayanlar tarafından şekillendirilmiştir. Yeşilova Höyüğü İzmir’in doğduğu ilk yerleşim alanıdır.

Daha sonraki çağlarda İzmir   sırasıyla Bayraklı (Smyrna) ve Kadifekale’nin bulunduğu alanlarda kültürel ve ekonomik bakımdan gelişimini sürdürmüştür. 
......................................................

 Yeşilova Höyük’teki ilk yerleşim  günümüzden en az 8-9 bin yıl önce Cilalı Taş Dönemi olarak da adlandırılan  Neolitik Çağ’da başlamıştır.  III. Kat  Yeşilova Höyüğü’nün en uzun süreli ve  en kalın kültür katıdır. Yıllar içinde genellikle tahribatlardan sonra yeniden inşa edildiği anlaşılan 13 mimari kata  sahip  bu sürecin kendi içinde üç evrede gelişim gösterdiği anlaşılmıştır.

III.Kat:  Neolitik Çağ Yerleşimi .Ova yüzeyinin 3- 4 metre altında , Neolitik dönemin ilk katlarında yer yer küllü  alanlar ve sıkıştırılmış toprak tabanlarla karşılaşılmıştır(Yeşilova III 7-8). Taban kalıntıları ve yanık izlerinden bu alanda  oval ya da dörtgen  planlı saz  ve ağaç dallarından oluşan kulübelerin olduğu anlaşılmıştır. Yanık kalıntılarının çoğunun saz türü bitkilere ait olması nedeniyle  kulübelerin yapımında sazın yoğun olarak kullanıldığını söyleyebiliriz. Kulübelerin etrafından çıkan ocak ve kül kalıntıları günlük işlerin ve pişirmenin kulübelerin çevresinde gerçekleştirildiğini göstermesi bakımından önemlidir.  

Yeşilova III. 5-6.   katlarında  yapılara ilişkin yalnızca  taban kalıntıları ortaya çıkartılmıştır.  Yeşilova’da çadır ve kulübe türü barınakların kullanıldığı bu dönemden sonra, Cilalı Taş döneminin Rönesans ı olarak da adlandırabileceğimiz zengin bir süreç başlamıştır (III.1-3.kat).  Yeşilova Höyüğü’nün  III 1-3. katlarında toplum yaşamında ortaya çıkan yenilikler,   nüfus artışına bağlı olarak daha büyük aile gruplarının  yaşadığı  konutların  ortaya çıkması, başka bir deyişle büyük boyutlu mimarlığın doğuşu, insanın yaşam ekonomisi adını verdiğimiz beslenme türünün değişmesiyle yakından ilgilidir. Yeşilova Höyüğü’nde konut olarak tanımladığımız kalıcı barınak ve yerleşik yaşam ancak, göç etmeden aynı yerde sürekli olarak besin elde edilebilecek bir düzen kurulduktan sonra ortaya çıkmıştır.

III.1. kat  höyüğün en uzun süreli yerleşim olarak bilinmektedir(Yeşilova III.1a-e).   Neolitik yerleşimin MÖ.6000-5700 yılları arasındaki son dönemini temsil eden ve yüzey toprağının 1- 2 metre altındaki bu katlarda 0.60- 0.80 m . kalınlığında taş temelleri olan  dikdörtgen planlı  5x6 ve 6x8 m. boyutlarında mekanların  inşa edildiği saptanmıştır.  

Yan yana birbirinden ayrı inşa edilen taş temelli yapılar ortak bir avluya bakmaktadır. Alanın genelinde 5 mekan açığa çıkartılmıştır. Tek odalı yapıların batıya doğru çekilerek belirli bir sırada inşa edildikleri kapılarının güneye bakacak şekilde uzun duvarların ortalarına yapıldığı saptanmıştır. Mekan aralarındaki boşlukların ve avlunun  yoğun ezgi ve öğütme taşı kalıntılarından işlik olarak kullanıldıkları anlaşılmıştır. Mekanların taş temel üst yapısına ilişkin günümüze fazla bir kalıntı ulaşmamıştır. Yapıların duvarları bu dönemdeki kerpiç bloklarının kullanıldığı geleneksel mimari tarzın dışında bir yöntemle,  10- 15 cm . kalınlığında kalıp içine dökülen ve kili toprak bitki kalıntıları karışımından oluşan bir çamur olan  “mühre” ile yapılmıştır.  Mekanların genellikle batı taraflarında üzeri çamur sıvalı taşlarla yapılmış platformlar ve tahıl öğütmek için kullanılan mutfak işliği bulunur. Bunun dışında serpantin taşından yapılan  balta , çakmaktaşı kesicilerinde bulunduğu taş işlikleri , dokuma işlikleri  ve çanak çömlek üretim yerleri günlük yaşamın en önemli izleri olarak karşımıza çıkar. Mekanların bazılarının içinde  küçük ocaklar yer alırken çoğunlukla fırınların avluda olduğu görülmüştür. Dolayısıyla avluların toplum yaşamı içinde önemli bir yerinin olduğu anlaşılmaktadır.  

II.Kat:  Kalkolitik Çağı Yerleşimi .Neolitik dönem yerleşimi aynı alanın kuzeyinde  Yassı Tepe alanına  kadar yayılım göstermiştir ve MÖ. 5700 yılları civarında  bir yangın sonucu terk edilerek  ortadan kalkmıştır. Yeşilova’nın en az 500 yıl sonra bu kez öncekinden çok farklı bir topluluk tarafından istilaya uğradığı anlaşılmıştır. Bu yeni gelen topluluklar koyu renkli çanak çömlekleri ve  oval planlı çukur evleri ile ilkel bir yapıya sahipti. Sözünü ettiğimiz bu süreç Kalkolitik Çağ olarak adlandırılan bir dönemi işaret etmektedir. Neolitik  toplulukların nereye gittikleri ve yeni gelenlerin nereden geldikleri çok iyi bilinememektedir.  Bilinen bir şey varsa o da, Yeşilova’da yaşayan ilk toplum  her iki süreç içinde defalarca çevredeki derelerin taşkınlarıyla karşılaştığı ve alana yığılan alüvyonların etkisiyle  yaşamın gittikçe zorlaştığıydı.

I.Kat:Roma , Demir Çağ ve Tunç Çağı Yerleşimi . Yeşilova Höyüğü’ndeki Erken Tunç Çağ yerleşimi Kalkolitik Dönemin devamı olarak görülebilir. Çanak Çömlekteki benzerlikler dışında bu dönemde taş temelli kolasal mimari önemli bir gelişmeyi işaret eder. Mezarlığını Yeşilova Höyüğü’nün merkezinde (I No’lu alanda) bulduğumuz bu kültürel sürece ilişkin mimari kalıntılar   yerleşimin  kuzeyinde VI No’lu alan Yassı Tepe’de saptanmıştır. Günümüzde kentin alışveriş merkezinde yer alan yerleşimin bir bölümünün üzerinde günümüzde  evler bulunmaktadır.  

Troya’nın en eski katıyla çağdaş olan Erken   Tunç Çağ yerleşimi ince uzun dikdörtgen  planlı  yüksek taş duvarlı yapılardan oluşmaktadır.  Toprak yüzeyinin hemen altında ortaya çıkan ve yaklaşık 1 metre yüksekliğinde taş duvarları olan mekanların kuzeydoğu , güneybatı doğrultusunda uzun evler şeklinde uzandıkları , içlerinde ocak yerlerinin ve platformların bulunduğu anlaşılmaktadır. Mekanların duvarları ortak duvar şeklinde inşa edilmiştir. Yerleşimin kendi içinde onarım ve yeniden kullanım evreleri bulunmaktadır. Yapıların uzun duvarlarının “s”  şeklinde yıkılması, İzmir’in beş bin yıl önceki yerleşiminin bir depremle son bulduğunu göstermektedir. Depremden sonra burada yaşayan topluluklar yapılarını onarıp bir süre daha yaşamışlardır. 

Roma Yerleşimi ve Mezarları   Yeşilova Höyüğü’nün bulunduğu alanda Roma Dönemi’nde dağınık olarak inşa edilmiş olan çiftlik evlerinin bulunduğu anlaşılmaktadır. Çok az mimari kalıntı olmasına karşın burada yaşayanların küçük bir mezarlığı açığa çıkartılmıştır. Kiremit ve taş Lahit mezar şeklindeki gömütlere tek tek çocuklar ya da bir  mezara üç kişinin  koyulduğu anlaşılmıştır. Mezarlardan elde edilen sikkeler ve C14 sonuçları  MÖ 3-2. yüzyılı işaret etmektedir.